Được coi là ứng cử viên cho một trong hai xuất xuống hạng khi mùa bóng chưa khởi tranh, Xi Măng Hải Phòng đã gây bất ngờ lớn khi thắng cả bốn trận đầu mùa giải, trong đó có hai trận thắng trước Thể Công và TMN Cảng Sài Gòn vốn là những đội bóng có phong độ ổn định nhất trong những vòng đấu đầu tiên. Vươn lên dẫn đầu bảng xếp hạng sau khi thắng Thép - Cảng 6 bàn không gỡ, giành cú "hattrick" cả ba danh hiệu giải thưởng của tháng 1 (Cầu thủ, Đội bóng và Huấn luyện viên xuất sắc nhất tháng), "hiện tượng Hải Phòng" xứng đáng được coi là tâm điểm của tháng trước Tết.

Vòng thi đấu thứ 13 (13 tháng 4), sau trận hòa 2-2 giữa 2 đội Thể Công và Sông Lam Nghệ An, cổ động viên 2 đội đã xô xát dữ dội, đuổi đánh nhau trên khán đài. Một số cổ động viên đội Thể Công bị thương đầu, tay[15].

Vòng thi đấu thứ 16 (11 và 13 tháng 5), trong trận đấu giữa Đà Nẵng và Đồng Tâm Long An trên sân vận động Chi Lăng, sau khi trọng tài Nguyễn Xuân Hòa công nhận bàn thắng của Đồng Tâm vào phút thứ 74, đội Đà Năng đã phản đối và bỏ ra ngoài sân không thi đấu. Sau đó, trọng tài Nguyễn Xuân Hòa thay đổi quyết định, không công nhận bàn thắng này làm đội Đồng Tâm cũng bỏ ra ngoài sân phản đối[16]. Với quyết định gây tranh cãi này, trọng tài Nguyễn Xuân Hòa bị treo còi 4 trận [17]. Tuy nhiên, ông Hòa nói rằng giám sát trận đấu và quan chức Liên đoàn bóng đá Việt Nam đã gây sức ép với ông[18].

Vòng thi đấu thứ 18 (24 và 24 tháng 5), Thể Công trở lại vị trí đầu bảng sau khi thắng Hòa Phát 2-1. Tuy nhiên, tâm điểm của vòng đấu này là vụ bạo loạn ngày Chủ nhật trên sân vận động Vinh giữa cổ động viên 2 đội Sông Lam Nghệ An và Hải Phòng làm gần 10 người bị thương phải đi cấp cứu và 1 người bị xe ô tô chở cổ động viên Hải Phòng cán chết. Bạo loạn xảy ra kể từ khi đội Hải Phòng gỡ hòa phút thứ 87, cổ động viên 2 bên ném gạch đá vào nhau. Cổ động viên Hải Phòng phải chạy xuống sân để tránh nhưng bị cổ động viên Sông Lam Nghệ An đuổi theo. Hơn 3 tiếng sau trận đấu, đội Hải Phòng và cổ động viên mới ra khỏi sân ra về nhưng tiếp tục bị ném đá từ 2 bên đường cũng như đuổi theo[19]. Đây là lần thứ 2 trong vòng 1 tháng rưỡi, xô xát xảy ra trên sân vận động Vinh (lần trước với cổ động viên Thể Công[15]).

Ngày 29 tháng 5, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã yêu cầu Liên đoàn bóng đá Việt Nam thay thế Trưởng ban tổ chức giải (ông Dương Nghiệp Khôi) và đe dọa có thể dừng giải nếu tiếp tục xảy ra các sự việc tương tự[20].

Sau 26 vòng đấu, câu lạc bộ bóng đá Bình Dương bảo vệ thành công chức vô địch của mình. Hai đội bóng còn lại bước lên bục nhận huy chương là Đồng Tâm Long An và Xi Măng Hải Phòng. Đối với Hải Phòng đây là một bất ngờ nhỏ do đội mới vừa thăng hạng và không thực sự được đánh giá cao trước khi mùa giải diễn ra. Còn đối với đội bóng của "bầu Thắng", họ tiếp tục khẳng định là đội bóng ổn định nhất Việt Nam khi lần thứ 6 liên tiếp đứng trong "top 3" của V-League. Đây cũng là một mùa giải buồn cho bóng đá thủ đô khi hai đại diện là Hà Nội ACB và Hòa Phát Hà Nội đều buộc phải xuống hạng. Đội bóng thứ ba phải thi đấu ở giải Hạng nhất 2009 là Boss Bình Định sau khi thua Cao su Đồng Tháp trong trận play-off.